基因演算法的交配過程，乃是由複製所得到的結果中，隨機將基因配對，再利用「單點交配」、「雙點交配」、「字罩交配」等方式進行。由於自然界中並非所有被配對的基因都會進行交配，故有交配率 (Crossover Rate) 的產生；開發程式時，則是針對每一組被配對的基因，以亂數值(介於 0 與 1 之間)來決定是否交配，若得到的數值小於交配率，則進行交配，反之則否 (筆者較常將交配率設為 0.8)。
以下將以圖示說明「單點交配」、「雙點交配」、「字罩交配」三種交配方式：
1) 單點交配：隨機選一交配點，將二基因字串自該交配點以後的所有位元進行互換。
2) 雙點交配：隨機選出兩個交配點，將此二基因字串兩個交配點間的所有位元互換。
3) 字罩交配：隨機產生長度與基因碼相同的 0、1 字串 (此即字罩)，字罩中為 1 的字元就是要進行互換的部份。
接著進入該世代的第三階段：突變
